Največji vpliv na oblikovanje japonskega karateja je izvedel Gichin Funakoshi. Reformiral ga je tako v metodičnem kot tudi v filozofskem smislu. Karate se je iz pismenke “Tō-te” (kitajska roka) preimenoval v pismenke kara-te (prazna roka). Funakoshijeva šola karateja je postala znana kot Shotokan.
Razvile so se tudi druge šole karateja, med katerimi so najbolj znane: Goju-Ryu (Chojun Miyagi), Shito-Ryu (Kenwa Mabuni), Wado-Ryu (Hironori Otsuka), Kyokushinkai (Masutatsu Oyama), Sankukai & Nanbudo (Yoshinao Nanbu) idr.
Karate se je začel sistematično poučevati na Japonskem po letu 1926.
Japonske vojaške oblasti so opazile, da so rekruti iz Okinave v neprimerno boljši telesni pripravljenosti od Japoncev. Raziskave so pokazale, da je bila to posledica vadbe karateja, ki so ga Okinavci trenirali že v osnovni šoli. Zato so leta 1917 v Center za borilne veščine v Kyotu povabili Gichina Funakoshija, ki je s svojimi učenci izvedel demostracijo karateja. To je bil drugi prikaz veščine na Japonskem. Prvega je leta 1914 –1915 izvedel Tsuyoshi Chitose. Leta 1922 je prišlo do prve večje invazije karateja iz Okinave na Japonsko. Funakoshi se je s skupino karateistov na povabilo ministra za prosveto in kulturo udeležil prvega nacionalnega atletskega mitinga. Njegovo demonstracijo je videl tudi »oče juda« Jigoro Kano in ga pozval, naj ostane v Japonski ter poučuje tote oz. veščino kitajske roke, kot se je takrat še imenoval karate, na znameniti akademiji juda Kodakanu. Funakoshi je ponudbo sprejel, hkrati pa začel poučevati karate še v Kyotu in na tokijski univerzi Keio, kjer je leta 1924 ustanovil prvi karate klub na Japonskem. Leta 1926 je ustanovil drugi klub na tokijski univerzi Ichiko. Naslednjega leta so sledili še trije študentski klubi, in sicer na Wasedi, Takushoku in Shodaiju. Do leta 1930 je organiziral dvanajst univerzitetnih klubov, vendar mu je šele leta 1935 uspelo postaviti lastni dojo, dvorano za trening v tokijski četrti Meijuroko. V tem času je neprestano potoval in prirejal demonstracije. Svoje delo je dojel na misijonarski način.
Choki Motobu, imenovan Saru ali opica, je bil prvi mojster karateja, ki je po Tsuyoshi Chitoseju prišel na Japonsko. Pri tem je prehitel Funakoshija za leto dni. V Osako je prispel leta 1921, vendar brez namena, da bi poučeval karate. To je storil šele dve leti kasneje. Leta 1923 je Motobu v Kyotu na nekem sejmu premagal evropskega boksarja. Dogodek so opisali mnogi ugledni časopisi, Motobujevo ime pa ponesli po Japonski. Od takrat je nastopal na sejmih in se zelo uspešno boril v ringih. Čeprav je znatno prispeval k popularizaciji karateja, so se njegova stališča bistveno razlikovala od Funakoshijevih. Motobu je v karateju videl zgolj praktično veščino, medtem ko je slednji poudarjal njegov filozofski in duhovni vidik.
Funakoshi je študente na univerzah poučeval na podlagi stila shuri-te, ki je obsegal dolg program. Le-ta je od učenca zahteval tudi do deset let neprekinjenega dela s sensejem oz. učiteljem. Ker študenti niso imeli toliko časa, je Funakoshi revidiral program in ga skrajšal na tri leta poučevanja osnovnih tehnik. V njegovi šoli so prvi oblikovali nizke borbene položaje in rotacije s telesom. Najbolj zaslužen za to je Funakoshijev sin Yoshitaka, izjemen karateist, ki je umrl mlad za tuberkulozo. Leta 1926 je Funakoshi v karate vpeljal sistem podeljevanja pasov. Prevzel ga je iz juda. Z njim je v veliki meri olajšal trenersko delo. Poslej so se za šolske nivoje uporabljali nazivi kyu in dodeljevali barvni pasovi (beli, rumeni, oranžni, zeleni, modri in rjavi), za mojstrske stopnje pa nazivi dan in črni pasovi. Obenem je Funakoshi posegel še v karate kate (forme), kjer je okinavske nazive kat zamenjal z japonskimi. Deloma je to storil tudi iz političnih razlogov, zaradi pospešene militarizacije Japonske. Leta 1929 je namesto ideogramov tote – kitajska roka začel uporabljati znake karate – prazna roka.
Funakoshi je pogosto prijel za pero. Pisal je predvsem iz želje, da bi osvetlil napačne predstave in razbil predsodke o karateju. Tako je napisal več knjig, zbirko esejev in celo vrsto popularizacijskih člankov. Tehnike karateja je združil z budom oz. bojevniškim duhom. Zanje je karate predstavljal način življenja. Vedno je poudarjal, da morajo študentje na karate gledati kot na sredstvo, s katerim premagujejo svoje slabosti, da bi dosegli boljšo in celovitejšo osebnost. Novembra 1922 je napisal svoje prvo delo z naslovom Ryukyu Kempo Tote, v katerem je izpostavil zgodovinske in filozofske vidike karateja. Ker so se tiskarski klišeji uničili med potresom leta 1923, je Funakoshi knjigo napisal znova. Leta 1935 je izdal delo Karate-do Kyohan, v katarem je podal tudi opise kat. Čez dve leti je sledila še knjiga Karate-do Nyumon. Leta 1956 pa se je na tržišču pojavila njegova avtobiografija Karate-do, moja življenjska pot, ki predstavlja temeljni duh karateja in je izjemen dokument o Gichinovem življenju in karateju nasploh.
Funakoshi o svojem pristopu h karateju nikoli ni govoril kot o posebnem stilu. To so kasneje storili njegovi učenci, pa tudi njegovi nasprotniki, ko so mu dali ime shotokan. Shote je bil Funakoshijev vzdevek, ki ga je v mladosti uporabljal kot pesniški psevdonim. V prevodu pomeni šumenje borovega gozda. Nekateri ga prevajajo tudi z lepopisec, ker se je Gichin ukvarjal s kaligrafijo, umetniško pisavo. Njegovi učenci so ime shoto razlagali kot tiger, besedo kan pa s hiša. Zato je stari znak shotokana v grbu imel tigra, medtem ko ga danes pooseblja simbol vzhajajočega sonca.
Čeprav Funakoshi zaradi svojega delovanja zasluženo nosi vzdevek »oče japonskega karateja«, so bili v Japonski poleg njega pred 2. svetovno vojno aktivni tudi drugi mojstri karateja. Chojun Miyagi, vodja stila Goju-ryu, je deloval v Kyotu po letu 1928. Ker se je v Japonski nahajal samo občasno, je njegovo (japonsko) šolo vodil Gogen Yamaguchi. Leta 1931 je v Osako prispel še en velikan karateja, Kenwa Mabuni, utemeljitelj stila Shito-ryu. Leta 1935 pa je Funakoshijev učenec Hironori Otsuka ustanovil šolo Wado-ryu.
25.10.1936 je skupina okinavskih mojstrov uradno potrdila pisavo besede karate in prenehala uporabljati pismenko tote. Na tem sestanku so bili: S. Gushikama, C. Chibana, C. Kyan, C. Miyagi, K. Yabu, S. Maeshiro, G. Nakasone in C. Anchiro. Tega leta je karate kot posebno veščino samoobrambe priznala organizacija Dai Noppon Butoku Kai, ki kontrolira in zbira podatke o japonskih borilnih veščinah.
